Al empresa, organización o institución para afiliarse al Fonacot, que es una entidad financiera de fomento crediticio, deben tener al menos 2 años operando y estar registrada ante el SAT para evitar las empresas fantasmas. El convenio se hace a través de un pre registros en el portal de la entidad, posteriormente se les asigna un folio, el cual deberán entregar en sus oficinas con la documentación correspondiente. Este trámite se puede consultar en su página de internet.
Hoy cuenta con una plataforma de afiliación completamente electrónica, donde a través de la e-firma podrán completar todo el trámite sin necesidad de acudir personalmente. En su fase inicial estuvo solo habilitado para centro de trabajo afiliados al seguro social.